Auf El Hierro, wie auf den Kanaren im allgemeinen, gibt es eine sehr große Anzahl endemischer Pflanzenarten, die entweder nur hier auf der Insel vorkommen, oder aber nur auf dem Kanarischen Archipel.

In höheren Vegetationszonen befinden sich herrliche Lorbeerwälder mit etlichen Unterarten, Farne, Moose, "El Fayal" mit flechtenbehangener Erika von 8 Meter Höhe und Haya-Sträucher, einem Hartlaubgewächs. Der Eukalyptusbaum wurde jedoch aus Australien eingeführt.
Die ausgedehnten Kiefernwälder gelten als die schönsten und eindrucksvollsten der Inseln.
Die Kanarische Pinie mit ihrer ausladenden Krone ist anspruchslos, ihre dicke Nadelschicht auf dem Boden lässt kaum anderen Bewuchs zu.

Ganz besonders hervorzuheben ist der Sabinar im Westen der Insel, eine Formation von Wacholdern, die seit Jahrhunderten zerzaust und verformt den rauhen Wind- und Wetterverhältnissen trotzt.

Die trockeneren Zonen weiter unten sind geprägt durch Dickblattgewächse, ähnlich der Fetten Henne, dem Hauswurz, aber auch Euphorbien.
Auffällig ist die Kandelaberwolfsmilch, "Cardón", am häufigsten jedoch trifft man die Tabaibas an.
Nicht einheimisch sind die Opuntien, die Feigenkakteen mit ihren schmackhaften Früchten, sowie die verschiedenen Arten der Agaven. Ihr bis zu 6 Meter langer Blütenstengel ist bei den Bauern zur Herstellung von Leitern und Wasserrinnen begehrt.

Der auf Teneriffa zu Berühmtheit gelangte Drachenbaum, der "Drago", ist ebenso wie die Kanarische Palme, nur in einzelnen Exemplaren vertreten.